دانشکده بهداشت زاهدان در مهرماه سال 1369 با 22 دانشجوی کاردانی بهداشت محیط در خیابان امام خمینی جنب خیابان مولوی و در یک ساختمان استیجاری دو طبقه شروع به کار نمود .ریاست وقت دانشکده مهندس محمد دهدار و معاون آموزشی آقای منصور شهرکی بوده اند.
این دانشکده در سال 1372 مجوز پذیرش دانشجوی کارشناسی ناپیوسته بهداشت محیط، در سال 71-70 کاردانی بهداشت محیط شبانه و در سال 73-72 دوره تکمیلی کاردانی بهداشت محیط را اخذ نمود. دانشکده در سال 72 به ساختمان استیجاری واقع در دروازه خاش منتقل شد و در سال 1376 به جنب معاونت بهداشتی واقع در بلوار بهداشت نقل مکان کرد.
