گروه مهندسی بهداشت حرفه ای دانشگاه علوم پزشکی زاهدان در سال 1379 با پذیرش دانشجویان کاردانی بهداشت حرفه ای فعالیت خود را آغاز نمود و پس مدتی با کسب مجوز پذیرش کارشناسی ناپیوسته در سال 1385 اولین دوره دانشجویان کارشناسی ناپیوسته را در این رشته پذیرش نمود. این گروه با جذب دو نفر کارشناس ارشد به عنوان عضو هیئت علمی در سال 1386 در جهت ارتقائ کیفیت آموزشی اقدام و تا کنون نیز در این راستا تلاش خود را نموده است. در حال حاضر گروه مهندسی بهداشت حرفه ای دانشگاه علوم پزشکی زاهدان در دو مقطع پیوسته و ناپیوسته دانشجوی دانشجو می پذیرد و دارای 4 عضو هیئت علمی ثابت و 2 عضو هیئت علمی طرح تعهد خدمتی است. همچنین 2 نفر نیروی کارشناس ارشد به عنوان کارشناس آزمایشگاه در این گروه مشغول به فعالیت هستند. گروه مهندسی بهداشت حرفه ای دارای آزمایشگاههای نسبتا مجهز سم شناسی، عوامل شیمیایی، عوامل فیزیکی، ارگونومی و کارگاه های تهویه و ایمنی صنعتی می باشد. کتابخانه دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی زاهدان تلاش کرده تا منابع آموزشی به روز را در زمینه مهندسی بهداشت حرفه ای اعم از ebook و کتب فارسی و انگلیسی فراهم و در اختیار دانشجویان قرار دهد. خط مشی و هدف این گروه، رشد مستمر در زمینه آموزش و پژوهش با نگرش خدمت به جامعه و حل مسائل جامعه در راستای مهارت ها و تخصص این گروه و همچنین حرکت در راستای اهداف کلان کشوری است.