دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی و بهداشتی درمانی زاهدان، از نیم سال اول 1369 با پذیرش دانشجویان روزانه بهداشت محیط در مقطع کاردانی، و به ریاست مهندس محمد دهدار، رسما کار خود را آغاز کرد.در نیمسال اول سال تحصیلی 1371، پذیرش دانشجوی شبانه در رشته های کاردانی بهداشت خانواده و کاردانی مبارزه با بیماریها، به فهرست رشته های دانشکده اضافه شد و از نیم سال اول سال تحصیلی 1372، همین رشته ها در نوبت روزانه نیز به فهرست پذیرش دانشجوی دانشکده اضافه شد.
پذیرش دانشجو :
در حال حاضر دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی زاهدان با چهار گروه آموزشی به شرح ذیل در سه رشته در مقطع کارشناسی و در چهار رشته در مقطع کارشناسی ارشد پذیرش دانشجو دارد.
1.مهندسی بهداشت محیط (مصوب 1374)
2.بهداشت عمومی (شامل رشته های بهداشت عمومی، مدیریت خدمات بهداشتی و آموزش بهداشت) (مصوب 1374)
3.مهندسی بهداشت حرفه ای (مصوب 1378)
4.اپیدمیولوژی (مصوب 1392)
تمامی مقاطع کارشناسی پیوسته از 1389 به بعد در دانشکده مصوب شد و از آن تاریخ دانشکده دیگر در مقطع کاردانی پذیرش دانشجو ندارد.پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد آموزش بهداشت، کارشناسی ارشد بهداشت محیط، کارشناسی ارشد اپیدمیولوژی و کارشناسی ارشد مدیریت خدمات بهداشتی به ترتیب در سالهای 1386، 1387، 1393 و 1396 انجام شد و در حال حاضر دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی زاهدان با چهار گروه آموزشی فوق الذکر در سه رشته در مقطع کارشناسی و در چهار رشته در مقطع کارشناسی ارشد و عمدتا از طریق آزمون کنکور سراسری دانشجو می پذیرد.